《密秘研究所》讲述了一个名为爱丽丝的年轻女子穿越时空，来到大正时期的日本，与一位名叫藏六的浪人相遇。爱丽丝和藏六一起踏上了一段冒险之旅，他们穿越时空，见证了日本的历史，也经历了一段刻骨铭心的爱情。
爱丽丝是一个善良开朗的女孩，她穿越时空来到大正时期的日本，对这个陌生的世界感到好奇和兴奋。她在一家小酒馆里遇到了藏六，一个浪迹天涯的武士。藏六是一个孤独而神秘的男人，他被爱丽丝的善良和乐观所吸引。两人很快坠入爱河，但他们的爱情却面临着重重阻碍。
爱丽丝和藏六穿越时空，见证了日本的历史。他们看到了明治维新后日本的近代化，也经历了二战期间的混乱和痛苦。藏六作为一名武士，他为自己的国家而战，也为爱丽丝而战。他用生命保护爱丽丝，最终两人得以幸福地生活在一起。
