《秘密研究生》是一部古装爱情剧，讲述了海棠妃和皇帝之间波折的爱情故事。海棠妃本是民间女子，机缘巧合下与皇帝相识，两人一见钟情。但皇帝身份尊贵，与海棠妃门第悬殊，他们的爱情不被世俗所容。
皇帝为了保护海棠妃，将她藏在宫中，并封为妃子。但海棠妃心中明白，自己和皇帝之间存在着巨大的鸿沟。她虽然享受着荣华富贵，但内心却始终充斥着不安和恐惧。同时，皇帝也有自己的烦恼。他作为一国之君，有责任为国家社稷考虑，而海棠妃的出现，让他分心，让他无法专心处理政务。
随着时间的推移，皇帝和海棠妃之间的感情越来越深厚，但他们也面临着越来越多的阻碍。皇帝的妃子们对海棠妃心生嫉妒，不断地陷害她。海棠妃虽然聪慧过人，但面对这些阴谋诡计，她也难免力不从心。最终，在海棠妃的敌人陷害下，她被皇帝赐死。海棠妃的死，让皇帝悲痛欲绝，他从此一蹶不振，最终也郁郁而终。
