《神秘研究院-正在加载中》3D电影讲述了一个退休的警察在追查女儿神秘死亡的真相时，发现了一个复杂的阴谋。
这个故事始于一个看似普通的夜晚，主人公乔纳森·史密斯（由罗伯特·德尼罗饰演）正在家中看着电视，突然接到一个陌生人的电话。电话中，陌生人告诉乔纳森，他的女儿艾莉森（由梅丽莎·乔伊·贝诺伊斯特饰演）已被绑架，如果不按照他的要求去做，她将会被杀害。
乔纳森竭尽全力地想要救回女儿，但绑匪的要求却越来越离谱，甚至还要求乔纳森去抢劫一家银行。面对如此艰难的处境，乔纳森不得不寻求当地警方的帮助，但警察却无法提供任何实质性的帮助。
在走投无路的情况下，乔纳森决定独自一人去寻找绑匪，并誓死救回女儿。他利用自己丰富的经验和智慧，一步步地接近真相，最终发现绑匪是一个名叫“喜力”的犯罪集团，他们绑架艾莉森是为了勒索赎金。
最终，乔纳森在警方的帮助下，解救了艾莉森，并一举捣毁了“喜力”犯罪集团。他也因此成为了一名英雄，受到了大家的尊敬和爱戴。
