《秘密研究所的秘密通道》延接了上一集的剧情，讲述了在精灵森林中，精灵们与人类之间发生的一系列欢乐而又感人的故事。这一集，精灵森林迎来了新的伙伴——一位人类女孩莉莉。莉莉因为一次意外，误闯入了精灵森林，并在精灵森林中结识了精灵公主爱丽丝以及她的朋友们。
一开始，莉莉对精灵森林感到非常陌生，她不了解精灵们的语言和习俗，也无法适应精灵森林的生活。但是，随着时间的推移，莉莉逐渐融入到了精灵森林的生活中，她也渐渐地喜欢上了精灵森林里的生活。她与爱丽丝成为了好朋友，也结识了许多其他的精灵朋友。在这些精灵朋友的帮助下，莉莉逐渐学会了精灵语言，也学会了精灵森林的习俗。
莉莉在精灵森林里的生活也给她带来了许多欢乐和感动。她见证了精灵们之间的友谊，也见证了精灵们与人类之间的友谊。她还经历了许多神奇的冒险，并从中学习到了许多宝贵的道理。在精灵森林里，莉莉逐渐成长为一个更加善良、更加勇敢、更加坚强的人。
