《好秘密研究所导航宅男》加长未删减版在线观看的剧情主要围绕着一名叫做小美的女子的生活展开。故事开始于小美在咖啡厅里邂逅了一位名叫小明的男子。双方经过一段时间的了解和相处，产生了好感并最终坠入爱河。然而，小明在一次意外中去世，这让小美十分伤心和绝望。她无法接受小明离世的现实，决定通过一些极端的方式来逃避痛苦。
小美开始沉迷于网络游戏，并在虚拟世界中寻找寄托。她与一位名为Overflow的玩家建立了亲密的关系，并沉溺于二人世界中。然而，Overflow的真实身份却是一个谜团，小美对他的了解也仅限于游戏中的互动。
随着时间的推移，小美逐渐意识到自己对Overflow的感情并非出于她的本意，而是游戏系统刻意安排的结果。她是Overflow系统精心策划的虚拟恋情的一部分，而她在游戏中的恋情只是Overflow利用她获取利益的手段。Overflow以浪漫的表象掩饰着其冷酷和无情的本质，利用小美的脆弱和渴望来牟利。当小美意识到这一点后，她感到十分愤怒和失望，并决定与Overflow决裂。
