《不良研究所-专属宅男导航》讲述了一个关于爱情、友谊和成长的故事。故事的主角是一对双胞胎兄弟，哥哥叫汤姆，弟弟叫杰瑞。他们从小就形影不离，感情非常好。然而，随着时间的推移，兄弟俩的性格和爱好逐渐产生了分歧。汤姆变得开朗外向，喜欢交朋友，而杰瑞则变得内向害羞，更喜欢独处。
有一天，汤姆和杰瑞同时爱上了一个女孩，名叫小美。小美是一个美丽善良的女孩，她对汤姆和杰瑞都有好感。但是，小美最终选择了汤姆，这让杰瑞非常伤心。杰瑞决定离开汤姆，独自去另一个城市生活。
时光荏苒，汤姆和杰瑞都已长大成人。汤姆成为了一名成功的商人，而杰瑞则成为了一名艺术家。两人虽然分隔两地，但他们始终保持着联系。有一天，汤姆突然接到杰瑞的电话，说他得了绝症，不久于人世。汤姆立即赶到杰瑞所在的城市，陪他度过了最后的时光。在杰瑞去世后，汤姆非常伤心，但他知道杰瑞希望他继续幸福地生活下去。
