《秘密研究所宅男-好好学习》是一部讲述了女扮男装进入成均馆学习的少女金允熙与其他三位男子之间的故事。该剧以朝鲜时代为背景，讲述了金允熙（朴敏英饰）女扮男装进入成均馆学习的故事。金允熙是一个聪明伶俐的女孩，她从小就喜欢读书，梦想成为一名学者。但是，在朝鲜时代，女子是不允许进入官学学习的。为了实现自己的梦想，金允熙决定女扮男装，进入成均馆学习。
在成均馆里，金允熙遇到了一群同样怀有远大理想的热血青年。他们分别是李善俊（朴有天饰）、文在信（刘亚仁饰）和具容河（宋仲基饰）。李善俊是成均馆中最优秀的学生，他也是金允熙最喜欢的男生。文在信是一个温柔善良的男生，他是金允熙最亲密的挚友。具容河是一个活泼开朗的男生，他是金允熙最搞笑的朋友。在成均馆里，金允熙和这三位男生一起学习，一起成长，也一起经历了各种各样的磨难。
金允熙在成均馆里学到了很多知识，她也变得更加成熟和坚强。她不仅成为了一个优秀的学者，也成为了一个勇敢的战士。最终，金允熙和她的朋友们一起，推翻了腐朽的封建制度，建立了新的国家。金允熙的故事告诉我们，只要我们有梦想，只要我们肯努力，就一定能够实现自己的目标。
