《秘密研究所宅男好好学习》是一部讲述了一个关于爱情与命运的故事。
故事的背景在2042年，世界已经发生了翻天覆地的变化。人类已经可以实现将意识上传到网络世界，这使得人类可以摆脱肉体的束缚，获得永生。不过，这种技术也带来了许多新的问题。其中最主要的问题就是，人类的意识失去了肉体的保护，变得更加脆弱。
韩国国家情报院的赵解析（李智贤）和警察大学教授的黄时木（吴世勋）发现了一个神秘的案件。受害者是一名年轻的女性，她的意识被上传到了网络世界后，被一个不知名的黑客攻击了。黑客不仅窃取了她的记忆和情感，还将她困在了网络世界里。
赵解析和黄时木经过调查发现，这个黑客是一个名叫“CCDONGMAN”的人。CCDONGMAN是一个神秘的黑客，他拥有着超乎常人的能力。他可以随意控制网络世界的一切，甚至可以窃取人类的意识。
赵解析和黄时木决定联手将CCDONGMAN绳之以法。他们追踪CCDONGMAN到了一个秘密的网络世界。在那里，他们遇到了CCDONGMAN。CCDONGMAN是一个有着俊美外貌的男人，他自称是网络世界的创造者。CCDONGMAN告诉他们，他创造网络世界是为了让人类获得永生。但是，他认为人类的意识太脆弱了，需要得到保护。所以，他决定将人类的意识上传到网络世界里，并用自己的力量来保护他们。
赵解析和黄时木不相信CCDONGMAN的话，他们认为CCDONGMAN是一个危险的人物。他们决定将他逮捕。CCDONGMAN不肯束手就擒，他与赵解析和黄时木展开了激烈的战斗。最终，赵解析和黄时木凭借着坚强的意志和强大的实力打败了CCDONGMAN，并将他逮捕了。
