《神秘研究所导航天天向上》讲述了一场发生在高中校园的青涩暗恋故事。女主角小美是一位成绩优异、性格内向的女生，她暗恋着同班同学阿亮。阿亮是一位阳光帅气的男生，他也是小美的同班同学。虽然小美喜欢阿亮，但她却不敢向他表白，只能将这份感情埋藏在心里。
有一天，小美在放学回家的路上被几个混混欺负，阿亮挺身而出，救下了小美。从此，小美对阿亮的感情更加深了。她决定要向阿亮表白，但是她又害怕被拒绝。在朋友的鼓励下，小美终于鼓起勇气，向阿亮表白了。阿亮也喜欢小美，于是两人开始交往。
交往之后，小美和阿亮发现他们有许多共同点，他们都很喜欢音乐，也都很喜欢看电影。他们经常一起去看电影，一起听音乐，一起聊天。他们的感情也越来越深。有一天，阿亮突然对小美说，他要去国外留学了。小美很伤心，但她知道阿亮是为了自己的前途，于是她决定支持阿亮。阿亮出国留学后，小美经常给他写信，阿亮也经常给小美回信。他们虽然相隔两地，但他们的感情却依然很好。
