《秘密研究所好好学习天天向上》讲述了一个江湖儿女之间的恩怨情仇，故事发生在明朝末年，武林中各大门派争斗不断，其中以少林、武当、丐帮、峨眉四派为首，各派的弟子们为了争夺武林盟主的宝座，展开了激烈的较量。
其中，少林弟子张君宝（张卫健饰）和武当弟子朱七七（蔡少芬饰）是一对欢喜冤家，他们从小就认识，经常打打闹闹，却也互相扶持，是彼此最好的朋友。长大后，两人都成为了各自门派的精英弟子，却也背负着门派的使命，无法在一起。
为了争夺武林盟主的宝座，四派弟子展开了一系列的较量，其中不乏阴谋诡计，张君宝和朱七七也不得不卷入其中。他们经历了无数的磨难，最终战胜了邪恶势力，张君宝成为了武林盟主，与朱七七结为夫妻，从此过上了幸福的生活。
