《神秘研究院-爱科学》第三季延续了前两季的精彩，以米仓凉子饰演的“怪医”大门未知子为主角，讲述了她与其他医生之间的冲突和合作，以及她如何在医疗界掀起波澜的故事。
在本季中，大门未知子被调任至东帝大学医院，这是日本最负盛名的医院之一。在这里，她遇到了新的对手——由岸部一德饰演的东帝大学医院院长，一个野心勃勃、不择手段的医生。院长对大门未知子的能力感到不满，并试图将她赶出医院。然而，大门未知子却不畏强权，她用自己的医术一次又一次地证明了自己的价值，让院长不得不刮目相看。
除了与院长的矛盾之外，大门未知子在本季中还遇到了其他挑战。她被卷入了一起医疗事故，并被指控为过失杀人。然而，她最终还是凭借自己的实力洗清了嫌疑。此外，她还与一位患有罕见疾病的年轻女孩建立了深厚的友谊，并帮助她战胜了疾病。
